不动高中发生过7件不可思议的事情，那是潜伏在旧教学楼里的怪人所设下的七个诅咒，其中第一个诅咒就是打不开的生物教室，据说一天晚上，一个老师安排女学生去生物教室里换灯泡，忽然看到了一个怪人，不小心被勒死了，教室从此关闭了，成为了打不开的生物教室。
第二个就是手掌爬动的打印室，一个男同学不小心将在打印室切断了手掌，至今他的手掌都在打印室里彷徨不知归处。第三血染之井，一个女生打扫卫生的时候被面具人推下了井，结果导致女孩的鲜血染红了井水。
第四在二楼走廊有一个停止转动的大钟表，一个老式在倒转指针的时候被压在了钟表下面，导致当场死亡，第五是无底泳池，只要是穿着红色泳衣，就会被人抓住脚踝拖下水中，导致死亡，死者脚踝处还有一道红色的印记。第六诡异的第十三级台阶，被封闭了的教室那边，本来不应该有第十三级台阶，可是当同学数到了第十三级台阶，放学路上就发生了交通意外，
至于第七个不可思议至今都内容不祥。
在不动高中有个学生成员组织的推理社，社长是樱树学姐，其中还有七濑美雪，和天才推理作家真壁诚、小胖和喜欢拍照的佐木龙太，作家刚听美雪介绍万七不思议就赶紧离开接受采访去了，而樱树则要调查事情的真相，而那个杜撰了教学楼里的怪人，自称是放学后的魔术师。
学校要对旧学楼进行拆除翻盖，校长接到了一封放学后的魔术师留下的恐吓信，称只要拆毁了那里，他就下七个诅咒，因为这个恐吓信，学校已经好几次都终止拆除教学楼了，但现在校长要不顾恐吓继续进行。
此时，听闻外面着火了，吓得大家都忙跑过去，却只是不让老师省心的金田一正在焚烧一些东西。
金田一的爷爷是著名的侦探，当看到美雪的七不思议推理的时候也很感兴趣。晚上，当樱树一个人在推理社的时候，真壁诚前来骚扰，表达对樱树的感情，樱树却只是喜欢有才华的人。真壁诚自以为是，认为自己才华横溢，上前就抱着樱树，樱树一把推开了真壁诚，还因此撞倒了书架，樱树揭穿真壁诚是浪得虚名，真壁诚匆忙离开。樱树一个人整理书架，却发现了重要线索，慌忙打电话给美雪，美雪比较害怕特意拉上了金田一。
几个人和保安一起，在走廊里看向对面的生物教室，竟然看到了樱树被吊死在里面，旁边还有那个面具人，吓得几个人慌忙赶去了生物教室。但是撞开门之后发现里面空无一人，就连门锁和窗户都安然无恙，这让大家非常害怕，担心是放学后的魔术师所为。
正当大家都以为这只是一个玩笑的时候，樱树被吊死在了旧学楼，警察也迅速展开调查，对所有接触案子的人都进行了询问。对于那个密室里的人是如何消失的都产生了疑惑。
小胖特意找到了真壁诚，指责真壁诚杀了樱树，因为他亲耳听到了真壁诚和樱树的对话，知道真壁诚小说背后是有枪手的，真壁诚讽刺小胖没有证据就是胡乱说，还骂他就是一个蠢货，气得小胖拿棍子打了真壁诚，导致真壁诚手心受伤。
真壁诚气急败坏去找佐木龙太，责怪他出卖了自己，这让佐木很委屈。小胖苦于找不到证据，无法揭穿真壁诚的真面目，气急败坏之下撕毁了所有真壁诚的海报，面具人再次出现杀了小胖。
次日，学校里再次发生了学生被杀事件，警方剑持勇带队再次赶来，怀疑这是模仿杀人，管理员阿花提醒金田一千万不要多管闲事，现在学校里很危险。
佐木发现真壁诚的手受伤，且昨天事情败露，因此怀疑是真壁诚杀了小胖，因此报告给了老师，真壁诚被带去了警察局。
但金田一却不相信真壁诚杀人，因为当天喜欢录像的佐木一直都在拍摄，而且从拍摄时间显示金田一当时也在，根本不具备作案时间。
美雪忽然想起自己的东西忘在了推理社忙跑回去拿，结果无意中发现了樱树留下的电脑笔记，上面清楚显示着七组数据，应该就是七不思议的秘密，美雪刚想要告诉金田一的时候，却被人用锤子打晕了。
金田一发现不见了美雪，想起七不思议的第三个死法，赶紧和佐木赶去了井口边，果真发现了晕倒的美雪，迅速将其送去医院，但是由于受伤严重不确定什么时候醒来，这让金田一很生气，主动找到了剑持勇，表示一定要将案子查清楚，相信一定有人故弄玄虚。
金田一让佐木调取了当时拍摄的推理社画面，放大了电脑上的数字，猜想美雪就是看到了这个才被杀的，为了能揭开谜底，金田一和剑持勇再次还原了现场情况，他们看见尸体吊在房间里，到从走廊奔向生物教室也只是用了50秒，这个时间内的凶手是不可能处理好尸体离开的。
金田一还特意做了一个实验，自己假扮成了面具人，还能让人看见金田一被吊起来的样子，吓得众人赶紧赶过去，结果发现什么也没有，金田一穿着面具人的衣服出现在众人眼前，现场弄了一个假人通过镜子投影的方式，让人们看到了一个假象，实际上放置尸体的房间是在生物教室对面的物理教室，凶手故意制造了一种假象，让人觉得是受到了诅咒的密室杀人。
的场老师被金田一指认杀人，的场不服气，认为自己没有杀人的理由，金田一却带着大家来到了推理社，这里才是原本第七个不思议消失的音乐教室，哪一些数字就是一个纬度数字，当年第七个音乐教室里，老师和学生自杀，但学生不想自杀，被老师反杀，教室里的血迹怎么也擦不干净，后来因为音乐教室改成了推理社，因此也成了消失的音乐教室。
金田一撕掉了墙壁上的真壁诚画报，竟然露出了一个小洞，里面赫然放着一具头骨，而这个人正是十年前被的场杀死的学生青山千寻。剑持勇想起了在十年前有过一场建筑工地6人被杀的事情，询问的场是否也知道。
的场见事情败露，只好说出缘由，在来这里当老师之前，他是一个建筑队工人。25年前，一处工地上由于人员匮乏，各方面管理都不到位，为了赶工，也没有进行对地质勘探就施工了，结果导致瓦斯爆炸，死了6个人。公司为了隐瞒事情就将6个员工就地掩埋，也就是现在的旧楼，后来公司派遣的场来这里当老师，目的就是为了守住六个人的秘密，青山千寻就是知道了这个秘密才被的场叫到了音乐教室里，在这里杀了她，放在墙壁里。
的场很自责，觉得自己对不起学生们，25年来，他也饱受这种情感折磨，阿花忽然冲出来杀了的场，要为他的女儿青山千寻报仇，他之所以来这里就是为了查找女儿死亡真相
美雪也从昏迷中醒来，剑持勇来学校探望了美雪和金田一，也告知二人阿花将会被从宽处理，而的场只是昏迷，并没有生命危险，终将接受法律制裁。
此时，有人向剑持勇汇报，六具尸体已经被挖出来了，剑持勇慌忙离开。美雪看着自己和金田一小时候的合影忍不住笑了，金田一不知道她笑什么反而笑话了两句，气得美雪调头就走。
